商品有機肥和糞肥同樣能夠補充有機質，促進團粒結構的形成。但從綠色健康可持續發展方面來講，商品有機肥更有優勢。
　　首先，商品有機肥比糞肥“無害”。兩種肥料的區別重點在于“腐熟”和“無害”。與商品有機肥相比，糞肥存在許多缺陷：一是含鹽分較多，容易使土壤鹽化。二是糞肥帶有大量的病菌、蟲卵，最易引發棚室內的病蟲害；三是糞肥養分含量不穩定，不能做到合理補肥。四是糞肥內若含有害物質、重金屬物質時，僅憑借高溫發酵不能去除。
　　其次，商品有機肥改良土壤效果更迅速。這是因為商品有機肥具有潔凈性和完熟性兩大特點。商品有機肥在制作過程中不僅進行高溫殺菌殺蟲，通過微生物完全發酵，并且很好地控制氧氣和發酵溫度，使有機物質充分分解成為直接形成團粒結構的腐殖質等，同時產生的氨基酸和有益代謝產物得以保留。使用后不會產生對蔬菜有影響的物質。
　　再次，商品有機肥的養分配比更合理。商品有機肥中的各類養分是可調整的，可以針對不同的土壤狀況使用不同養分含量的產品。
　　商品有機肥使用方法
　　雖然說商品有機肥與糞肥同樣能夠改良土壤，但使用方法是不一樣的。使用商品有機肥時要做好以下三點：
　　1、底施要足量。有些農戶感覺商品有機肥價格較貴，不如糞肥用量大。商品有機肥已經過無害化處理，不會像糞肥那樣產生燒根熏苗的情況。因此，使用商品有機肥時要使用足夠的數量。
　　2、穴施溝施要正確。很多菜農的有機肥使用方式是穴施或溝施，需要注意的是要與植株根系保持一定的距離。比如在兩行蔬菜的中間溝施，也可在兩棵植株間穴施。
　　3、講究與其他肥料配合。商品有機肥的主要作用是改良土壤，維護土壤生態。里面含有的大中微量元素畢竟有限。在高收入經濟作物使用時一定要與其他類型的肥料配合使用。如與生物菌肥、大量元素水溶肥等等。