沼氣肥在水果種植中，具有培育樹勢茂盛，葉色濃綠，病蟲害明顯減少，果實味道純正，比施用化肥的可增產30％～50％的特點。柑桔葉面噴施沼液可提高產量，有效提高果樹抗寒防凍能力，同時提高座果率，防治病蟲害，減少農藥、化肥用量。沙田柚施用沼氣肥，酸度降低，果肉可食率和糖分明顯提高。施用沼氣肥種植西瓜，與施化肥對比，畝施沼氣肥3000公斤可增產360公斤左右，差異極顯著，同時西瓜甜度提高，瓜地連續使用3年沼氣肥，能有效防治西瓜枯萎病。

　　改良土壤 長期使用沼氣肥，可以疏松土壤，有利于土壤微生物的活動和土壤團粒結構的形成，增加土壤有機質含量，豐富土壤氮、磷、鉀養分，激活土壤中的微量元素和微生物。實踐證明，沼氣肥既是優質的有機肥料，又是良好的土壤改良劑。

　　防治病蟲害 沼氣發酵液既可以葉面噴施，也可以浸種，達到防治病蟲害的目的；和某些化學農藥配合施用，既可減少農藥的用量，又比單施化學農藥具有更好的效果。